肝内胆管癌（intrahepatic cholangiocarcinoma，iCCA）是原发性肝恶性肿瘤，当前手术切除了率低，并缺少有用的靶向/免疫医治方案。肝内胆管癌具备高度异质性的基因组突变及肿瘤微情况，可能介导其高侵袭性及不良预后。是以，火急需要对于iCCA举行“俯瞰式”研究，绘制其切确的份子图谱，为体系理解肝内胆管癌异质性和实现个别化医治提供理论依据。
2021年12月30日，中国科学院上海药物研究所研究员周虎、中科院院士、复旦年夜学从属中山病院传授樊嘉、复旦年夜学从属中山病院传授高强，与中科院份子细胞科学卓着立异中央研究员高峻明互助，于Cancer Cell上于线发表了题为Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma的研究结果。该研究对于262例iCCA患者的肿瘤构造举行卵白基因组学阐发，经由过程整合基因组、转录组、卵白质组、磷酸化卵白质组等多维度数据，为肝内胆管癌的发生成长机制、份子分型、预后监测及个性化医治计谋提供了新思绪。
科研职员阐发了TP5三、KRAS、FGFR二、IDH1/二、BAP1等肝内胆管癌重要驱动突变对于卵白质组及磷酸化卵白质组的影响。研究发明，中国人群样本中特异性存于黄曲霉毒素突变指纹，与高肿瘤突变负荷及高NK细胞浸润等显著相干。FGFR2的交融及突变可能经由过程激活Rho GTPase通路来促成iCCA成长，其部门交融卵白衍生肽具备较强免疫原性，是潜于免疫抗原靶点。科研团队进一步阐发了肝内胆管癌染色质拷贝数变异对于mRNA和卵白的顺式及反式调控效应。研究按照卵白质组数据，将iCCA患者分为炎症（S1）、间质（S2）、代谢（S3）、分解（S4）四种亚型，四种亚型具备差异化的临床特性、突变谱、通路富集以和免疫特性漫衍，且有显著预后差异。经由过程降维阐发，研究找到了可特异性区别4个亚型的标记物，并验证证明了其用在临床样天职型的可能性。终极，研究确定HKDC1及SLC16A3是iCCA预后相干的生物标记物。
该研究是于国际癌症卵白质基因组同盟（International Cancer Proteogenome Consortium，ICPC）和国际临床肿瘤卵白质组学阐发同盟（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium，CPTAC）高质量尺度框架下，开展的针对于肝内胆管癌年夜行列步队的卵白基因组学阐发。该研究周全展现了肝内胆管癌中基因突变及染色质变异对于卵白质组及磷酸化卵白质组的影响，从卵白质组条理提出了四个份子分型及生物标记物，为摸索肿瘤异质性及实现个别化医治提供了线索。该研究所孕育发生的高质量年夜数据将继承为肝内胆管癌基础与临床研究提供撑持。研究事情获得中科院院士贺福初、美国国立癌症研究院博士Henry Rodriguez、美国贝勒医学院传授章冰、美国华盛顿年夜学基因研究所传授丁丽、美国西奈山伊坎医学院传授王沛、加拿年夜渥太华年夜学传授Daniel Figeys的撑持。
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